Como probablemente sepa, podría haber varias razones por las que su conexión FTP es lenta. Con el fin de responder a esta pregunta, voy a suponer que tiene una gran cantidad de archivos o que usted o su proveedor de alojamiento web tienen una conexión a Internet muy lenta.
Personalmente, cuando estoy tratando con una gran cantidad de archivos, tiendo a comprimirlos (tar / zip) y luego iniciar la transferencia. Sin embargo, podría ser que su proveedor de alojamiento web haya restringido esta capacidad, en cuyo caso lo más probable es que tenga un panel de control basado en la web proporcionado por su proveedor de alojamiento web. En la mayoría de los casos, he encontrado que estos paneles de control le permiten iniciar una copia de seguridad y descargar este archivo comprimido que, con suerte, puede extraer y usar. También es posible (pero menos probable) que pueda cargar y descomprimir un archivo de esta manera.
Esta es la única sugerencia amplia que puedo proporcionarle dada la información disponible.
Si su pregunta apuntaba a encontrar una solución para respaldos continuos / rutinarios, sugeriría explorar rsync (respaldos incrementales) que utilizamos en 20 servidores. Si no está familiarizado con rsync o parece que tiene que involucrarse mucho en este momento, le recomiendo encarecidamente jungledisk (la edición del servidor) que esencialmente realiza la misma cosa y realiza una copia de seguridad de todos los datos en la nube. Sin embargo, es probable que ambas herramientas requieran que tengas acceso root a tu VPS.
Para obtener soluciones de respaldo de rutina más básicas, buscaría en wordpress.org, ya que recuerdo haber visto algunos complementos, incluidos los que respaldan automáticamente mysql.
Buena suerte :-)