Mi opinión: diría que realmente depende de los servicios / productos / etc. que proporcione. Por ejemplo, si proporcionó servicios a un área geográfica limitada, me enfocaría en directorios basados en la localidad. Si está vendiendo software en línea, entonces me enfocaría en directorios que califiquen / enumeren software.
En pocas palabras, identifique directorios que se relacionen con la industria o el mercado en el que se encuentra, ya que estos le brindarán la mejor ejecución por su tiempo y dinero.
(Lo anterior se basó en hacer listados de directorios para más de 1000 pequeñas empresas).
PD: Para su información, http://dir.google.com NO es la misma información que http://dmoz.org , según tengo entendido. Además, el directorio de Google tiene más enlaces, y ... suponiendo que Google trata los enlaces de su propio directorio solo un poco mejor en cuanto a SEO ... :-)