No hay penalización SEO por tener marcos ... ¡las páginas enmarcadas son solo páginas! Solo la página de marcos en sí es diferente ... por lo general, solo tiene uno si usa marcos o algunos con marcos flotantes.
En un momento (principios de los 90), algunos motores de búsqueda no podían seguir páginas enmarcadas. Los navegadores han admitido marcos desde IE3 y Netscrape 2. ¡Los motores de búsqueda han seguido los marcos durante más de 10 años! La gente lee cosas en la web escritas hace algún tiempo y las reescribe y otra lo leerá y las volverá a escribir ... una y otra vez ... ¡ficción de la red! Si se usa en un marco flotante o un marco, sigue siendo una página y los rastreadores los encuentran e indexan.
Las páginas enmarcadas necesitan un poco de codificación adicional, etiqueta noframes y javascript para abrir la página dentro del sitio completo. Solo la etiqueta noframes tiene alguna relación con el SEO.
Los marcos también tienen algunos beneficios de SEO, ya que generalmente hay más páginas. También he tenido buenos resultados con el reenvío de marcos ... la única forma de reenviar de forma segura un sitio sin un 301 y aún usarlo para búsquedas de palabras clave.