Depende de tus escalas de tiempo. En este momento, Flash está mucho más extendido que HTML5, principalmente debido a la compatibilidad con el navegador (nos guste o no, hasta que se publique IE9 y sea ampliamente adoptado, este seguirá siendo el caso).
Sin embargo, creo que con el tiempo HTML5 / Canvas se convertirá en la tecnología dominante, al menos para cosas como videos, animaciones e interactividad simple. Sospecho que Flash (y Silverlight) se adaptarán y sobrevivirán, pero tendrán más nicho de mercado.
No creo que pierdas tu tiempo aprendiendo Flash, pero si fuera tú, primero miraría HTML5. Habrá muchos menos expertos en HTML5 en el futuro cercano y una mayor demanda de sus servicios, por lo que lo vería como algo inteligente.