He notado lo que estás describiendo también. Al menos con algunos sitios, si proporcionan autenticación de dos factores , de vez en cuando le piden que verifique factores más allá del nombre de usuario / contraseña. En general, he podido resolver esto yendo al sitio manualmente para verificar mis factores adicionales. Luego, cuando actualizo, la información se actualiza nuevamente.
La seguridad de dos factores parece ser cada vez más frecuente en los sitios bancarios. Sé que Citibank lo hace por su sitio web de préstamos estudiantiles. Vanguard lo hace por su sitio también. Chevy Chase Bank (ahora propiedad de Capital One) también lo hace en su sitio web, pero no he tenido ningún problema de actualización en esa cuenta con mint.com.