Siempre que el repositorio principal sea público, la bifurcación más antigua se selecciona para convertirse en la principal:
Cuando elimina un repositorio público, se elige uno de los tenedores públicos existentes para que sea el nuevo repositorio principal. Todos los demás repositorios se bifurcan de este nuevo padre y las solicitudes de extracción posteriores van a este nuevo padre.
Fuente: Ayuda de GitHub: ¿Qué sucede con las bifurcaciones cuando un repositorio elimina o cambia la visibilidad?
Actualización n. ° 1: Al realizar algunas pruebas rudimentarias (crear varias horquillas y luego eliminar la matriz), parece que la horquilla más antigua se convierte en la matriz.
Actualización n. ° 2: envié un correo electrónico al equipo de soporte y esta es la respuesta que recibí:
Hola ---,
Gracias por contactarnos. Eso es correcto, la bifurcación más antigua se promociona para ser el nuevo repositorio raíz. Sin embargo, el propietario original del repositorio raíz puede contactarnos de antemano para cambiar la raíz al repositorio que deseen.
Háganos saber si tiene alguna otra pregunta.
Saludos, Jamie