Curioso ... las versiones recientes de KDEnlive prácticamente empujan esta opción a su cara una vez que agrega un clip con propiedades diferentes del proyecto.
Si la opción se deshabilitó en su configuración, puede habilitarla nuevamente yendo a Settings
-> Configure KDEnlive
-> Misc
(seleccionada de forma predeterminada) ->[ ] check if first added clip matches project profile
Estoy usando esta opción en la versión 0.9.6 en Debian, pero he visto este comportamiento en 0.9.4 y probablemente también en versiones anteriores.
Además, si en algún momento te acostumbraste a descartar esta divertida ventana de preguntas que obtienes inmediatamente al agregar un clip, intenta controlar esta vez la urgencia: la pregunta es si KDEnlive debe ajustar las propiedades del proyecto, que es lo que quieres ;-)
(no te enojes conmigo si crees que esta última parte es estúpida, ocasionalmente he hecho soporte al usuario y he visto a gente hacer esto ;-)