En general, es imposible decir qué configuraciones producirán la mejor salida para una situación dada, sin simplemente probar varias configuraciones. La mayoría de los codificadores (nunca he usado Flash Media Live Encoder específicamente) tienen bastantes configuraciones que pueden ajustarse dentro de una tasa de bits, velocidad de cuadros y tamaño de cuadro específicos que afectarán el resultado final. Algunas configuraciones tendrán mejores resultados para algunos tipos de video que otros.
Mi mejor consejo, sin saber nada sobre su software específico, es probar varias configuraciones y comparar los resultados. Es posible que desee codificar el mismo clib de 10-30 segundos (probablemente con mucho movimiento, ya que esa es una de sus principales preocupaciones) con varias configuraciones, y comparar los resultados.
Otra cosa que podría sugerir es reducir la tasa de bits de audio para que tenga un poco más de ancho de banda de video. Aunque si esa es una buena idea también puede depender mucho de cómo es su transmisión de audio. Si se trata de un video musical, entonces es probable que desee proteger su ancho de banda de audio muy celosamente. Si se trata de una entrevista (poco probable ya que estás hablando de mucho movimiento, pero ¿quién sabe?), Entonces probablemente puedas salirte con un ancho de banda de audio bastante bajo.