He hecho esto exactamente muy recientemente.
Compilé openssl-1.0.algo de la fuente en un sistema Linux Slackware 11.0. Quería parchear el inicio de sesión por contraseña para pausar durante 7 segundos en un inicio de sesión fallido, a fin de evitar a los molestos adivinadores de contraseñas ssh chinos.
Compilé Apache httpd 2.2.17 en el mismo sistema Slackware 11.0 porque venía con Apache 2.0.algo, y quería usar un httpd.conf 2.2.x de otro sistema.
Ahora que lo pienso, también compilé Alpine 2.0 (cliente de correo electrónico, seguimiento de pino) para el mismo sistema. ¿Por qué Slackware 11.0? Se ejecuta en una máquina de alrededor de 2003 con gráficos Intel "Brookdale", y cualquier otro Slackware posterior no es compatible con los gráficos Intel mal documentados.
En una máquina diferente, saqué el soporte de chip inalámbrico TI ACX111 de github y compilé un nuevo controlador, lo que me permitió usar una tarjeta inalámbrica de $ 9.
También recompilo habitualmente los núcleos de Linux para que sean específicos para la máquina en la que se ejecutan.
Entonces, en mi caso, hay varias razones de personalización, soporte de hardware y "solo porque".
Dado lo que sabemos de epidemiología en una población uniforme (http://www.usenix.org/publications/login/2005-12/openpdfs/geer.pdf), ¿por qué no todos compilan desde la fuente en sus propios sistemas, con lo que sea opciones de tiempo de compilación que eligen? Eso daría lugar a una población mucho más resistente a virus y gusanos.