Todos los otros directorios bajo root parecen ser exactamente lo que uno supondría que son,
También hay / var, / mnt y / opt;)
pero estos dos parecen extraños, siempre los habría adivinado como usuario y temporal.
Casi ahi. Como dijo Shawn, "usuario" significa "Recursos del sistema universal" (aunque otros recursos según Google indica que significa "Recursos del sistema Unix").
¿Hay alguna razón histórica para la ortografía?
Atajos, abreviaturas. Recuerde que los comandos en cualquier sistema operativo están destinados a acceder de forma interactiva y programática. En particular, para la administración de sistemas donde las secuencias de comandos rápidas son una preocupación principal, las abreviaturas, los mnemónicos son tan buenos (o incluso mejores) que la palabra / comando deletreada por completo.
Además, en el pasado, si te conectabas remotamente a través de un módem lento como la melaza, afeitarte un par de vocales aquí y allá te haría la vida más fácil (o menos miserable si fueras un administrador de sistemas tratando de descubrir qué demonios) está mal con una caja remota).
Como se dijo antes, no es exclusivo de / usr y / tmp (ver / var, / mnt y / opt).
Además, no es exclusivo de Unix. Tomemos DOS, por ejemplo (chkdsk, por ejemplo). Los mnemónicos donde se afeitan las vocales son un concepto poderoso y útil.
Incluso en los lenguajes naturales (como los idiomas semíticos) existe el concepto (donde la raíz de las palabras se identifica universalmente y casi sin ambigüedades mediante grupos de 3 consonantes). Es un mecanismo humano innato para gestionar la información.