Respuestas:
Editar: Pensándolo bien, me di cuenta de que podría haber entendido mal la pregunta. Si desea que el directorio solo sea visible para un usuario específico (es decir, para cualquier otro usuario, esa lista ni siquiera aparece en el listado del directorio), no puede hacerlo sin prohibir a otros usuarios que enumeren el contenido del directorio de padres. Entonces, si el directorio es, /foo/barentonces puede eliminar el rpermiso /foo(para todos menos el propietario) evitando que otros usuarios enumeren el contenido /foo, pero no puede ocultarse /foo/barespecíficamente (aunque ciertamente puede ocultar su contenido).
Vieja respuesta:
Convierta a ese usuario específico en el propietario del directorio y luego elimine todos los permisos en ese directorio para todos menos el propietario. En el shell, usarías chmodpara hacer esto:
chmod 700 the_directory
Si está utilizando un administrador de archivos, simplemente elimine todas las marcas de verificación en la pestaña de permisos, excepto las de la columna "Usuario" (los detalles exactos dependen del administrador de archivos, por supuesto).
Si prefiere hacerlo desde la GUI, esto se explica en la ayuda del navegador de archivos GNOME (conocido como Nautilus):
Básicamente, simplemente selecciona la carpeta, y luego desde el menú elige Archivo-> Propiedades-> Permisos.
De lo contrario, la respuesta de sepp2k es absolutamente correcta, y el enlace de txwikinger es excelente si está interesado en una explicación detallada de los permisos de archivos Unix.
Este tutorial explica en detalle cómo configurar los permisos de archivos en Linux (y por lo tanto también en Ubuntu) para que pueda controlar el acceso.