El panel aparece en el monitor principal. No ha dicho cómo está configurando su sistema, así que no puedo darle una respuesta muy detallada. Deberá usarlo xrandrpara averiguar su configuración actual. En mi caso esto es:
$ xrandr | grep -w connected
VGA-0 connected 1440x900+1600+0 (normal left inverted right x axis y axis) 408mm x 255mm
DP-3 connected 1600x900+0+0 (normal left inverted right x axis y axis) 344mm x 194mm
Entonces, DP-3es la pantalla de mi computadora portátil y VGA-0es mi monitor VGA externo. Como quiero que el panel esté en el VGA que está extendiendo el escritorio a la derecha de la computadora portátil, ejecutaría:
$ xrandr --output VGA-0 --mode 1440x900 --primary --right-of DP-3 \
--output DP-3 --mode 1600x900
El --primaryinterruptor establece la pantalla VGA como monitor principal y hace que el panel se muestre en ella.
xrandr --output VGA-0 --primarydebería ser suficiente.