Respondiendo a sus preguntas, una por una:
¿Por qué no tienes que desfragmentar un sistema Linux? ¿Porque está usando el sistema de archivos ext2 / ext3 o porque es Linux?
Debido a que ext2 / 3/4 tiene un enfoque diferente sobre los archivos y carpetas, por lo que apenas se fragmentan. Otros ya han respondido al respecto, y puedes leer más detalles aquí
Eso es relevante, porque tiene un sistema de arranque doble (W7 / Ubuntu) y una partición común (NTFS) a la que pueden acceder ambos sistemas. Si estoy usando esta partición con Linux, ¿se fragmentará?
Sí, puede fragmentarse. No es cuestión de si Windows o Linux o cualquier otra cosa está accediendo a él, es cómo cada sistema de archivos trata con el tamaño del archivo, cómo almacena todos esos bloques, si deja espacios vacíos entre cada archivo ...
Otro problema son los contenedores Truecrypt. También accedo a ellos con Linux y Windows, y son FAT32. ¿Se fragmentan con Linux operando en ellos?
Los contenedores Truecrypt son un archivo, para todos los asuntos prácticos. Cuando crea un contenedor con TrueCrypt, está creando un archivo del tamaño que elija. Para su sistema operativo, es como cualquier otro archivo. Si hace copias de él, etc., tal vez las copias podrían terminar siendo fragmentadas.
Pero, recuerde, nunca es bueno tener múltiples copias del mismo contenedor, podría ayudar a reducir la seguridad del mismo. Siempre haga un nuevo contenedor.
Cuando guarda, elimina, copia, mueve, etc., archivos dentro del contenedor, los sistemas operativos no lo saben, es lo mismo que abrir, editar y guardar cualquier otro archivo, sin cambiar su tamaño.
Y si le preocupa la seguridad de truecrypt sobre la fragmentación, investigue sobre el uso de truecrypt con SSD: dado que el SSD intenta controlar el desgaste de toda la memoria dentro de él, es posible que tenga el mismo efecto de copiar el contenedor.