Hay mucha documentación y discusión sobre esto en la red.
La respuesta corta es que existen profundas diferencias ideológicas entre el proyecto GNU y los proyectos del kernel de Linux, lo que impide una posible unificación.
El enfoque de la FSF, la organización detrás del Proyecto GNU, está en la pureza ideológica con respecto a la idea del software libre. Esto toma su liderazgo en gran medida de las opiniones del fundador de FSF / GNU, Richard Stallman. Además, como ha mencionado Ricitos de Oro, la FSF ahora es principalmente una organización de defensa política. Desde hace mucho tiempo, la FSF no ha invertido recursos significativos en el Proyecto GNU, aunque sí proporcionan infraestructura de soporte.
El proyecto del kernel de Linux tiene una postura mucho más pragmática sobre la libertad del software, nuevamente en gran medida derivada de su fundador, Linus Torvalds. El proyecto de kernel de Linux es principalmente un proyecto de software libre, que consiste en desarrolladores de software especializados en el desarrollo de kernel / OS y, en ningún caso, una organización de defensa política.
Como ejemplos específicos de cómo se desarrollan estas ideologías en la práctica, considere
1) Que Stallman considera inaceptable el hecho de que el proyecto Debian "publicite" software no libre al mantener la parte no libre de su archivo de software. Esto es irónico, ya que el proyecto Debian se centra en la libertad de software que es bastante similar a la FSF, aunque no es tan rígido ideológicamente.
2) Que el kernel de Linux permite que se utilicen módulos de kernel binarios (no libres) con el kernel. Si bien los desarrolladores del kernel no están entusiasmados con esto, lo toleran, pero es difícil imaginar que la FSF lo haga.
También vale la pena señalar que el intento de Stallman de nombrar los sistemas operativos basados en el kernel de Linux como GNU / Linux probablemente no ha mejorado las relaciones entre la FSF y la comunidad del kernel de Linux, aunque no tengo datos específicos sobre esto.
Aparte de cualquier otra cosa, como menciona goldilocks, la FSF tiene varias reglas que un proyecto GNU debe cumplir. Esto incluye la asignación de derechos de autor de todo el código a la FSF. Esto en sí mismo sería un factor decisivo, ya que Linus Torvalds nunca ha requerido dicha asignación de derechos de autor. Por lo tanto, si el kernel de Linux se convirtiera en parte del proyecto GNU, todas las contribuciones significativas al kernel de Linux tendrían que tener sus derechos de autor asignados a la FSF. Dada la edad y el tamaño del proyecto, y la cantidad de contribuyentes, esto es básicamente imposible. Los proyectos mucho más pequeños y más jóvenes (por ejemplo, Mercurial) han encontrado que el software que renueva la licencia es una tarea desalentadora.
Tenga en cuenta que esta respuesta no pretende ser una crítica a los desarrolladores del núcleo FSF o Linux. Ambas partes tienen sus propios puntos de vista válidos. Sin embargo, la realidad de la situación es que, en cierta medida, son puntos de vista incompatibles.