Debería poder lograr esto con AppArmor , que le permite a uno bloquear el acceso según la ruta. El tipo de sistema de archivos no juega ningún papel en este caso.
Otra opción es, por supuesto, usar otro visor de PDF. Si insiste en tenerlo en el navegador, por ejemplo, Firefox a partir de la versión 19 tiene un JavaScript incorporado.
También puede hackear el complemento como se menciona en el error de Ubuntu . Ahora recuerdo haberlo hecho hace mucho tiempo (o el error ha estado allí por años o ha sido reintroducido últimamente), cuando todavía lo estaba usando. Si tiene instalado Perl, puede "arreglar" el complemento con:
perl -p -e 's,C:\\nppdf32,/dev/null\0,' /usr/lib/browser-plugins/nppdf.so
(es posible que deba actualizar la ruta del archivo para su distribución).