Lo que está buscando es una forma de copia en escritura , donde varios archivos que tienen el mismo contenido usan el mismo espacio en el disco hasta que se modifique uno de ellos. Los enlaces duros solo implementan copia en escritura si la aplicación que escribe borra el archivo y crea un nuevo archivo con el mismo nombre (que generalmente se hace creando un nuevo archivo con un nombre diferente y luego moviéndolo a su lugar). Evidentemente, la aplicación que está utilizando no está haciendo esto: está sobrescribiendo el archivo existente.
Algunas aplicaciones se pueden configurar para usar la estrategia de reemplazo. Algunas aplicaciones usan la estrategia de reemplazo por defecto, pero usan la estrategia de sobrescritura cuando ven un archivo con múltiples enlaces duros, precisamente para no romper los enlaces duros. Su técnica de instantánea actual funcionará si puede configurar su aplicación para reemplazarla en lugar de sobrescribirla.
Fl-cow modifica programas para usar sistemáticamente la estrategia de reemplazo en archivos con múltiples enlaces duros.
Alternativamente, puede almacenar sus archivos en un sistema de archivos que realiza copia por escritura o deduplicación, o tiene una función de instantánea, y no se preocupa por los enlaces duros: Btrfs o Zfs . Dependiendo de su esquema de partición, el uso de instantáneas LVM puede ser una opción.
Mi recomendación es utilizar una herramienta de instantánea adecuada. Hacer copias de seguridad confiables es sorprendentemente difícil. Probablemente quieras rsnapshot .