En lugar de depender solo de particiones, en Linux generalmente recomiendo usar LVM. Esto le permite crecer y reducir los sistemas de archivos según sea necesario más adelante (aunque el crecimiento tiende a ser más fácil que reducir), incluso si el sistema de archivos está activo en el caso de ext2 / 3/4 (he aumentado con éxito el tamaño de los sistemas de archivos mientras estaban activos, aunque nunca he tratado de disminuir el tamaño de uno de esta manera).
Obviamente, esto todavía te deja decidir cómo distribuir el espacio, pero no tienes que hacerlo exactamente desde el primer momento porque reorganizar las cosas más tarde es más fácil. Por lo general, le doy a cada volumen tanto espacio como creo que necesitará más un trozo para la buena suerte, y dejo el espacio restante para agregar nuevos sistemas de archivos o expandir los existentes más adelante.