Puede verificar si un archivo está fragmentado o no utilizando la filefrag
utilidad.
De esa manera, puede filtrar los archivos que no están fragmentados y hacer la copia / copia solo para los archivos ya fragmentados. Eso debería ahorrarte algo de tiempo. Sin embargo, tenga en cuenta que no hay garantía de que el nuevo diseño del archivo sea mejor que el anterior.
La mejor manera es ignorar la fragmentación de archivos por completo. Especialmente en una memoria USB, apenas importa, solo desperdicia ciclos de escritura y, a diferencia de los discos duros, no hay partes móviles y, por lo tanto, no hay una gran penalización debido a la fragmentación.
La desfragmentación solo debería ser necesaria si sucedió algo divertido que hizo que los archivos se fragmentaran de una manera muy extrema. Por ejemplo, clientes de torrent que descargan contenidos de archivos en orden aleatorio sin preasignación. Pero a menos que FAT haya comenzado a admitir archivos dispersos en algún momento, eso ni siquiera es un problema allí, ya que la asignación previa es obligatoria en tal FS.