primero haga una copia de seguridad de sus archivos! puedes usar una línea de Python:
python -c "import glob,os; [os.rename(fn, fn.replace('.MP3', '.mp3')) for fn in glob.glob('PATH_TO_YOUR_DIRECTORY')]"
EDITAR:
Aquí hay una explicación detallada de cómo funciona realmente el one-liner. Usando python -cestamos pasando un comando al intérprete de Python. Después de importar las bibliotecas ospara la renamefunción y globpara la lista de archivos, necesitamos iterar a través de la lista de archivos en el directorio dado, que llamé PATH_TO_YOUR_DIRECTORY, por ejemplo, algo así como ./*para todo en el directorio actual.
Desafortunadamente, en la sintaxis de una línea, los forbucles no funcionan después de la importnotación, por lo que debemos usar la notación de corchetes. Es decir, por cada archivo o nombre de directorio que globnos proporciona desde la ruta dada en forma de cadena, reemplazamos * .MP3 por * .mp3.
Como OP no mencionó la búsqueda recursiva, no la incluí en primer lugar.