No hay una razón particular para hacer una diferencia entre los comandos de la GUI y la CLI.
/usr/bin
pertenece al sistema operativo, por lo que, aunque nada te impida, como root, hacerlo, no deberías poner nada aquí. Este directorio es para personas que distribuyen software integrado con el sistema operativo y manejan / evitan adecuadamente los conflictos de nombres.
/usr/local/bin
es un directorio común para software creado localmente. Si puede escribir aquí, puede usar este directorio.
/opt/<name>/bin
es para software que no pertenece al sistema operativo. Es una buena ubicación para el software compartido.
Su directorio de inicio le pertenece, por lo que puede colocar cualquier cosa que desee debajo, pero no es la mejor ubicación si otras personas necesitan ejecutar su programa.