¡Tienes muchas opciones!
pdftotextde poppler ya se ha mencionado.
Hay un programa llamado Haskellpdf2line que funciona bien.
calibre 's ebook-convertprograma de línea de comandos (o calibre en sí) es otra opción; puede convertir PDF a texto plano u otro formato de libro electrónico (RTF, ePub), en mi opinión genera mejores resultados que pdftotext, aunque es considerablemente más lento.
ebook-convert file.pdf file.txt
AbiWord puede convertir entre cualquier formato que conozca desde la línea de comandos, y al menos opcionalmente tiene un complemento de importación de PDF:
abiword --to=txt file.pdf
Otra opción más es podofotextextractde la biblioteca de herramientas PDF de podofo. Realmente no lo he intentado.
Si combina las dos herramientas de Ghostscript pdf2psy ps2asciitiene otra opción.
De hecho, puedo pensar en algunos métodos más, pero lo dejaré así por ahora. ;)