No significa directorio en sí, básicamente lo que está sucediendo es que los directorios que terminan en .d(tenga en cuenta que generalmente solo están en /etc), toman partes de configuración.
Esto está diseñado para que las distribuciones puedan incluir valores predeterminados universales, por ejemplo /etc/yum.conf, pero luego hay un método fácil de usar para que los usuarios u otros paquetes agreguen sus propias configuraciones yum de una manera segura que no se sobrescribirá.
Como ejemplo para mmm ...
Si quisiera comenzar a usar EPEL en mi RHEL5 o CentOS Box, puedo configurar un nuevo repositorio en la /etc/yum.repos.dcarpeta, (digamos /etc/yum.repos.d/epel.repo) o instalar el paquete epel-release que crea el archivo automáticamente, sin modificar mi configuración predeterminada o causar conflictos de archivo que No es necesario que suceda.
Lo que sucederá es que la mayoría de los programas leerán su configuración predeterminada ( /etc/yum.confpor ejemplo) y luego iterarán sobre sus .dcarpetas, incluidos los fragmentos de configuración en el programa en ejecución.
Espero que te lo explique.
.d, vea el comentario de msw sobre esta pregunta relacionada en Ask Ubuntu .