Antes de cambiar a Wayland, minimizaría todas las ventanas de GNOME Shell con el siguiente comando:

wmctrl -k on

... pero ambos wmctrly xdotoolson X11 aplicaciones exclusivas. ¿Qué comando CLI puedo usar para minimizar todas las ventanas en una sesión de GNOME Shell / Wayland?

Referencias

• ¿Puedo minimizar una ventana desde la línea de comando? (Pregúntale a Ubuntu)

TL; DR Todavía puedes hacer eso

Si bien xdotoolutiliza las API X11 y, por lo tanto, no funcionará en Wayland, wmctrlinteractúa con el entorno de escritorio en sí. Por lo tanto, si bien sus comandos que requieren API X11 no funcionarán, aún puede usar muchos wmctrlcomandos en una sesión de Wayland, -k onincluidos.

Probado en Arch Linux usando GNOME Shell 3.30.2 y wmctrl1.07.