Uno no es mejor que el otro, son solo métodos y formas de pensar diferentes.
Puede usar ambos sistemas de permisos en la misma ruta sin problemas.
Interfieren entre sí al modificar los permisos del propietario, el grupo propietario y otros permisos: al establecer el valor actual para estos desde setfacl, en realidad establecerá el permiso posix, no el ACL.
Los permisos Posix solo permiten un propietario, un grupo propietario y un permiso de "todos", mientras que ACL permite múltiples usuarios y grupos "propietarios". ACL también permite configurar permisos predeterminados para nuevos archivos en una carpeta.
Puede agregar más administración de permisos además de ambos con apparmor o selinux para un control más estricto.
ls -l
solo veré los permisos posix y los ACL que limitan aún más el archivo no se mostrarán? ¿O se respetarán los permisos posix independientemente?