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Hay Exherbo , que utiliza múltiples repositorios Git para almacenar sus exheres (su término para construir recetas similares a ebuilds de Gentoo o puertos de BSD). Sin embargo, sigue siendo una distribución bastante joven.
Actualización: Gentoo se mudó recientemente a Git para su repositorio de paquetes . Sin embargo, no creo que esté configurado para que los usuarios normales obtengan actualizaciones a través de Git (aunque creo que está planeado permitir eso).
Mencionas homebrew específicamente; linuxbrew es una bifurcación de homebrew dirigida a linux. Deets aquí: http://linuxbrew.sh/