Eliminar el directorio actual no afecta la integridad del sistema de archivos o su organización lógica. La prevención de la .eliminación se realiza siguiendo el estándar POSIX que se indica en la rmdir(2)página del manual:
Si el argumento de ruta se refiere a una ruta cuyo componente final es punto o punto-punto, rmdir () fallará.
Se puede encontrar una justificación en la rmpágina del manual:
La utilidad rm tiene prohibido eliminar los nombres punto y punto-punto para evitar las consecuencias de hacer algo como:
rm -r. *
Por otro lado, eliminar explícitamente el directorio actual (es decir, indicando su ruta completa o relativa) es una operación permitida en Unix, al menos desde SVR3, ya que estaba prohibido con Unix versión 7 hasta SVR2. Esto es muy similar a lo que sucede cuando elimina un archivo que se está leyendo o escribiendo activamente. Los procesos que acceden al archivo de eliminación continúan sus operaciones de lectura y escritura como si nada hubiera pasado. Después de haber eliminado un directorio actual del proceso, este directorio ya no es accesible a través de su ruta, pero su inodo permanece presente en el sistema de archivos hasta que el proceso muere o cambia su propio directorio.
Tenga en cuenta que el proceso no podrá utilizar una ruta relativa a su directorio actual para cambiar su cwd (por ejemplo cd ..) porque ya no hay un.. entrada en su directorio actual.
Cuando alguien escribe rmdir ., es probable que espere que se elimine la entrada del directorio actual, pero cuando se elimina un directorio (usando su ruta), en realidad se eliminan tres entradas de directorio .,.. , y el propio directorio.
Eliminar solo . y no la entrada de directorio de este directorio crearía un directorio no compatible, pero como ya se indicó, está prohibido por el estándar.
Como @Emmanuel señaló correctamente, hay una segunda razón por la cual .no está permitido eliminar . Hay al menos un sistema operativo compatible con POSIX (Mac OS X con HFS +) que, con fuertes restricciones, admite la creación de enlaces duros a directorios existentes. En tal caso, no hay una forma clara desde dentro del directorio para saber qué enlace rígido es el que se espera eliminar.