¿Cuál es la diferencia entre los controladores r8169 y r8168?

Realtek proporciona el código fuente para el controlador r8168 que se basa en el controlador r8169 del árbol del núcleo si puedo creer su fuente:

/*
 * This driver is modified from r8169.c in Linux kernel 2.6.18
 */

Ambos tienen licencia GPL, por lo que el código fuente puede intercambiarse sin problemas legales. Es por eso que me resulta bastante extraño que Realtek mantenga un controlador separado sin registros de cambios ni documentación.

¿Cuál es la diferencia para el usuario final? ¿Qué controlador se recomienda?

El controlador r8168 es un controlador fuera de árbol proporcionado por el proveedor clásico, con todos los beneficios y problemas que conlleva.

El controlador Linux r8169 viene con su núcleo de distribución, tiene un soporte de hardware mucho más amplio, pero posiblemente sea más lento para adaptarse al nuevo hardware. Por otro lado, es compatible con la gente del kernel, que ha rechazado r8168 debido a que r8169 también maneja todo el hardware compatible con r8168, y si no, se arregla. (Tenemos hardware que necesitaba r8168 una vez, pero ahora funciona con los núcleos de distribución r8169 disponibles, así que esto es cierto).