Descargar archivos usando wget

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Estoy tratando de descargar archivos de este sitio web .

La URL es: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE48191&format=file

Cuando uso este comando:

wget http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE48191&format=file

Solo obtengo index.html?acc=GSE48191algún tipo de formato binario.

¿Cómo puedo descargar los archivos de este sitio HTTP?

wget

— usuario3138373
fuente

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Creo que su ?intérprete es interpretado por shell (Corrección por vinc17: lo más probable, es lo &que se interpreta).

Simplemente intente con comillas simples alrededor de su URL:

wget 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE48191&format=file'

Tenga en cuenta que el archivo que está solicitando es un .tararchivo, pero el comando anterior lo guardará como index.html?acc=GSE48191&format=file. Para nombrarlo correctamente, puede cambiarle el nombre a .tar:

mv 'index.html?acc=GSE48191&format=file' GSE4819.tar

O puede dar el nombre como una opción para wget:

wget -O GSE48191.tar 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE48191&format=file'

El comando anterior guardará el archivo descargado como GSE48191.tardirectamente.

— Qeole
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Se descarga pero ni siquiera es un directorio. Si mira el enlace ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE48191 , puede ver que hay varios archivos .gz. ¿Todavía no puedo acceder a ellos?

— user3138373

Supongo que el OP usa un shell que ignora ?como comodín ya que nada coincide. El problema principal es &: esto ejecutará la parte que precede (por lo tanto, con una URL incompleta) en segundo plano. Pero la solución es la misma: citar la URL.

— vinc17

Gracias a usted terdon y vinc por editar / correcciones. @ user3138373: No puedo encontrar sus archivos .gz en los enlaces provistos, ¿podría decirme de nuevo qué URL usa para ver / acceder a ellos?

— Qeole

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@ user3138373 el archivo que descarga es un archivo ( .tararchivo) que contiene los archivos .gz. Una vez que lo haya descargado, ejecute tar xvf GSE4819.tarpara expandir el archivo y acceder a los archivos.

— terdon

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Otra forma que posiblemente podría funcionar es mediante el uso de este comando:

wget -O nameOfTar.tar "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE48191&format=file"

El -Ocomando especificará el nombre para descargar.

Por supuesto, su problema inicial se debe a que el "&" estaba siendo interpretado por el shell, que rodea la URL con comillas dobles soluciona el problema.

— ryekayo
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-O La opción se utiliza para especificar el nombre del archivo en el que se guardan los datos descargados. No tiene incidencia en los datos descargados (tal vez eso es lo que quiso decir, pero no lo encontré claro).

— Qeole

Sí, lo siento, haré mi corrección

— ryekayo

No estoy seguro de por qué esto fue rechazado.

— ryekayo

3

No voté en contra, pero probablemente sea porque su solución no soluciona el problema: &es interpretada por el shell y la descarga del .tararchivo fallará.

— Qeole

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wget -O "name-you-want-to-save-as.format" http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE48191&format=file

Eso debería obtener el archivo que desea descargar en el directorio actual en el que se encuentra.

— Samman Bikram Thapa
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wget: missing URLes lo que wgetresponde a eso, porque te falta el argumento -O. Además, creo que esto probablemente no resuelva el problema del OP de todos modos.

— Celada

Debido a que la URL contiene &, esta respuesta no funciona a menos que agregue ""o ''alrededor de la URL.

— Aaron Franke el

0

Desde $ curl -G http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE48191

<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//IETF//DTD HTML 2.0//EN">
<html><head>
<title>301 Moved Permanently</title>
</head><body>
<h1>Moved Permanently</h1>
<p>The document has moved <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE48191">here</a>.</p>
</body></html>

Entonces necesitas hacer

wget https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE48191

Observe la "s" después de http. Lo intenté yo mismo y funcionó bien.

— La letra m
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