Estoy tratando de instalar el paquete python rpy2con pip install en Ubuntu 16.04:
pip install rpy2==2.2.7pero recibe un mensaje de error (ver salida completa a continuación):
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-EuOI6K/unroll/Lo mismo sucede con otros paquetes, como pip install unrollo usando pip2. Pensé que esta publicación era el mismo problema, pero allí se resuelve usando sudo.
Soluciones probadas
He intentado soluciones en este puesto , como: pip install --upgrade setuptools, (sudo) easy_install -U setuptoolso sudo apt-get install python-setuptools, pero fue en vano.
información de python / pip
Alguien sugirió que podría tener una instalación extraña de python / pip, aquí hay algunas informaciones:
sudo which python pip pip2 | xargs -rd '\n' readlink -f
/usr/bin/python2.7
/usr/local/bin/pip
/usr/local/bin/pip2
sudo python --version
Python 2.7.12
sudo pip --version
pip 9.0.1 from /home/matifou/.local/lib/python2.7/site-packages (python 2.7)
/usr/bin/pip2 --version
pip 8.1.1 from /usr/lib/python2.7/dist-packages (python 2.7)
ls -l $(which pip); dpkg -S /usr/bin/pip
-rwxr-xr-x 1 root root 204 Nov 8 16:24 /usr/local/bin/pip
python-pip: /usr/bin/pip
Salida de error completa
pip install rpy2 == 2.2.7 Recopilación de rpy2 == 2.2.7 Uso de rpy2-2.2.7.tar.gz en caché Salida completa del comando python setup.py egg_info: ejecutando egg_info creando pip-egg-info / rpy2.egg-info escribiendo pip-egg-info / rpy2.egg-info / PKG-INFO escribir nombres de nivel superior en pip-egg-info / rpy2.egg-info / top_level.txt escribir enlaces de dependencia en pip-egg-info / rpy2.egg-info / dependency_links.txt escritura del archivo de manifiesto 'pip-egg-info / rpy2.egg-info / SOURCES.txt' Rastreo (llamadas recientes más última): Archivo "", línea 1, en Archivo "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", línea 462, en [os.path.join ('doc', 'source', 'rpy2_logo.png')])], Archivo "/usr/lib/python2.7/distutils/core.py", línea 151, en la configuración dist.run_commands () Archivo "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", línea 953, en run_commands self.run_command (cmd) Archivo "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", línea 972, en run_command cmd_obj.run () Archivo "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py", línea 280, en ejecución self.find_sources () Archivo "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py", línea 295, en find_sources mm.run () Archivo "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py", línea 526, en ejecución self.add_defaults () Archivo "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py", línea 562, en add_defaults sdist.add_defaults (self) Archivo "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py", línea 36, en add_defaults self._add_defaults_ext () Archivo "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py", línea 119, en _add_defaults_ext build_ext = self.get_finalized_command ('build_ext') Archivo "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", línea 312, en get_finalized_command cmd_obj.ensure_finalized () Archivo "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", línea 109, en sure_finalized self.finalize_options () Archivo "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", línea 155, en finalize_options config + = get_rconfig (r_home, acerca de) Archivo "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", línea 319, en get_rconfig rc = RConfig.from_string (rconfig, allow_empty = allow_empty) Archivo "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", línea 279, en from_string + '\ nin cadena \ n' + cadena) ValueError: subcadena no válida -hopempmp en cadena -Wl, - export-dynamic -fopenmp -Wl, -Bsymbolic-functions -Wl, -z, relro -L / usr / lib / R / lib -lR -lpcre -llzma -lbz2 -lz -lrt -ldl -lm El comando "python setup.py egg_info" falló con el código de error 1 en / tmp / pip-build-EkrbmM / rpy2 / pip install desenrollar Recopilación de desenrollado mediante el almacenamiento en caché de desenrollado-0.1.0.tar.gz Salida completa del comando python setup.py egg_info: Descargando http://pypi.python.org/packages/source/d/distribute/distribute-0.6.14.tar.gz Rastreo (llamadas recientes más última): Archivo "", línea 1, en Archivo "/tmp/pip-build-QimGjp/unroll/setup.py", línea 2, en ez_setup.use_setuptools () Archivo "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", línea 145, en use_setuptools return _do_download (versión, download_base, to_dir, download_delay) Archivo "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", línea 124, en _do_download to_dir, download_delay) Archivo "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", línea 193, en download_setuptools src = urlopen (url) Archivo "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", línea 154, en urlopen return opener.open (url, datos, tiempo de espera) Archivo "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", línea 435, en abierto respuesta = metanfetamina (req, respuesta) Archivo "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", línea 548, en http_response 'http', solicitud, respuesta, código, msg, hdrs) Archivo "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", línea 473, por error return self._call_chain (* args) Archivo "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", línea 407, en _call_chain resultado = func (* args) Archivo "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", línea 556, en http_error_default elevar HTTPError (req.get_full_url (), código, msg, hdrs, fp) urllib2.HTTPError: Error HTTP 403: se requiere SSL El comando "python setup.py egg_info" falló con el código de error 1 en tmp / pip- build-QimGjp / unroll /
¿R ya está instalado?
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lapisdecor
Intenta ejecutarlo con la
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George Udosen
-Hbandera comosudo -H
Lo siento, pero esto es demasiado complicado para mí como para ayudar a alguien a desenredarlo en este momento. Incluso con la generosidad. Gracias por tus recordatorios sin embargo.
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David Foerster
Gracias @George, pero desafortunadamente incluso dijo
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Matifou
sudo -Hque no funciona :-(