Estoy bastante seguro de que este es un problema de codificación. Su terminal probablemente esté en UTF-8 y el archivo sea ISO. Este es un problema nuevo ya en 16.04, creo que también puede ocurrir en 15.04, pero puedo confirmar que no ocurre en 12.04.
Intente verificar su terminal donde está ejecutando meld escribiendo "locale". y deberías obtener algo como esto:
$ locale
LANG=en_US.UTF-8
LANGUAGE=en_US
LC_CTYPE="en_US.UTF-8"
LC_NUMERIC="en_US.UTF-8"
LC_TIME="en_US.UTF-8"
LC_COLLATE="en_US.UTF-8"
LC_MONETARY="en_US.UTF-8"
LC_MESSAGES="en_US.UTF-8"
LC_PAPER="en_US.UTF-8"
LC_NAME="en_US.UTF-8"
LC_ADDRESS="en_US.UTF-8"
LC_TELEPHONE="en_US.UTF-8"
LC_MEASUREMENT="en_US.UTF-8"
LC_IDENTIFICATION="en_US.UTF-8"
LC_ALL=
Luego escriba "archivo" para cada uno de sus archivos y asegúrese de que coincidan con su terminal.
En una nota al margen, he tenido una serie de problemas de codificación entre UTF-8 e ISO que realmente nunca deberían suceder en 16.04.
Lo que funcionó para mí fue ejecutar iconv en cada archivo:
iconv -f ISO-8859-15 -t UTF-8 file_1.txt >file_1.tmp;
iconv -f ISO-8859-15 -t UTF-8 file_2.txt >file2.tmp;
mv file_1.tmp file_1.txt;
mv file_2.tmp file_2.txt;
meld file_1 file_2