Ejecutar herramientas GUI, nautiluscomo rootse considera perjudicial por este motivo, entre otras (funciones ocultas, capacidad de ejecutar silenciosamente fragmentos de programa desde quién sabe dónde, ...).
No tiene un problema de "permiso", tiene un problema de "propiedad".
Para encontrar todos los archivos que posee root(realmente propiedad de cualquier otra persona), haga lo siguiente:
sudo find $HOME \! -user $USER
Para devolverle la propiedad, podría
sudo chown -R $(id -u):$(id -g) $HOME
pero eso cambiará la propiedad de todos los archivos dentro y debajo $HOME
sudo find $HOME \! -user $USER >/tmp/list-of-files
# edit the list of files, and delete file files you don't want to chown
nano /tmp/list-of-files
xargs sudo chown $(id -u):$(id -g) </tmp/list-of-files
Le da a uno la oportunidad de ajustar la lista de archivos, propiedad de usted, que le devolverán su propiedad.
findconsudo(sudo find ...) para inspeccionar losrootsubdirectorios propios con0700protecciones y todo lo que se encuentre debajo de ellos. Lo mismo para la reparación.