En mi computadora portátil con Ubuntu 16.04, el puntero del mouse desaparecía con frecuencia.
Mi problema era: el puntero del mouse parecía desaparecer cuando me movía al lado derecho de la pantalla. Luego apareció después de unos 3 a 5 segundos después de mover el mouse hacia arriba, abajo, izquierda, derecha. Esto era bastante molesto cuando trabajaba en la computadora.
La solución fue:
Haga clic en Tablero (esquina superior izquierda) y escriba "configuración del sistema". Haga clic en "Configuración del sistema", luego en Todas las configuraciones> Pantallas. Si es el caso de mi caso, verá un cuadro llamado Pantalla desconocida a la izquierda de la Pantalla incorporada en un cuadro grande con fondo gris.
Haga clic en la pantalla desconocida y desactívela apagando el botón justo debajo del cuadro gris.
Encontré la respuesta aquí (¡Gracias a Justin Samuel!).