Estás viendo esta barra de título más gruesa porque estás usando Gnome-Shell. En Gnome-Shell, las barras de título del tema Numix son mucho más gordas que las versiones para Unity.
Mira estas dos imágenes
Unidad

Shell de gnomo

Para reducir la gordura de la barra de título
Para reducir esta gordura, sigue estos pasos
- Crea un archivo
~/.config/gtk-3.0/gtk.css
con estos contenidos
.header-bar.default-decoration {
padding-top: 4px;
padding-bottom: 4px;
}
.header-bar.default-decoration .button.titlebutton {
padding-top: 4px;
padding-bottom: 4px;
}
/* No line below the title bar */
.ssd .titlebar {
border-width: 2px;
box-shadow: none;
}
Cierre sesión y vuelva a iniciar sesión.
Una captura de pantalla de la sesión de gnome-shell después del cambio

Sin embargo, se informa que este ajuste no funciona para GNOME 3.20 a veces. Para abordar eso, es posible que necesite la solución de esta pregunta
Fuente: /unix/257163/reduce-title-bar-height-in-gnome-3-gtk-3