¿Cuál es la forma preferida de instalar paquetes R en Ubuntu?

Estoy instalando en R en ubuntu, pero estoy un poco confundido con las muchas opciones que hay para instalar paquetes.

La forma tradicional es instalarlos, dentro de R, haciendo install.package(). Sin embargo, Ubuntu ofrece la posibilidad de instalar con apt-get. Esto es interesante ya que el sistema operativo mantendrá los paquetes actualizados. Dado que solo tienen un par de paquetes disponibles, creará problemas tarde o temprano. Eventualmente tendré paquetes de instalación de la forma tradicional, instalándolos de diferentes maneras, y tal vez (?) Esto también creará problemas de versión.

¿Cuál es la forma preferida de instalar y mantener paquetes R en Ubuntu?

Creo que los únicos paquetes de R disponibles a través de los repositorios de Ubuntu son los paquetes mantenidos por el equipo central de desarrollo de R. Al igual que con la mayoría de los paquetes, los disponibles a través de apto synaptic no siempre son las versiones más nuevas. Afortunadamente, tiene la opción de agregar una fuente de software mantenida por CRAN creando un nuevo archivo /etc/apt/sources.list.d/CRAN.listque contenga una sola línea de texto:

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/

(reemplácelo trusty/con el nombre en clave de su distribución; si no lo sabe, escriba lsb_release -cen un terminal). Después de eso (y un apt update) el gestor de paquetes siempre instalar (o actualizar a) las versiones de Cran-mantenido r-base, r-base-core, etc., puesto que ellos tienen números de versión más altos que los de las fuentes de Debian. Vea aquí si se aptqueja de que el repositorio no está firmado.

Para todos los demás paquetes (también conocidos como "paquetes contribuidos"), prefiero instalarlos en R install.packages(c("name_of_package", "name_of_other_package"))siempre que sea posible, a menos que sepa con certeza que la versión en CRAN es antigua y que una versión más nueva tiene la funcionalidad que necesito. En tales casos, puede instalar desde GitHub con devtools::install_github('AccountName/RepositoryName')o descargar un archivo e instalarlo desde una ventana de terminal a través de R CMD INSTALL name_of_package.tar.gz, o dentro de R vía install.packages("/path/to/downloaded/package.tar.gz", repos=NULL, type="source").

Para completar, aquí está la guía oficial de CRAN .

Por lo general, instalaría usando apt-get r-cransiempre que sea posible, ya que esto se encarga de las dependencias y actualizaciones de una manera más limpia. Solo si no está disponible, usaré instalar desde R.

Tenga en cuenta que hay dos repositorios para paquetes R Debian:

1. Oficial R: proporciona algunos paquetes. Para incluirlo, debe agregar el enlace al repositorio actualizando su archivo source.list . Esto está documentado en la página CRAN-ubuntu , luego ejecuteapt-get update , luego actualiza

2. PPA: Michael rutter proporciona un ppa , cran2deb4ubuntu , que contiene muchos más paquetes. Para obtener documentación, consulte el final de este blog . Solo necesita ejecutar (luego, después de la actualización / actualización):

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u
   

Tenga en cuenta que para R 3.5.0 el nombre del repositorio ha cambiado y las bibliotecas de vistas de tareas precompiladas por Michael Rutter ahora están disponibles en cran2deb4ubuntu_3.5