Los emojis de color no son compatibles actualmente. Aparentemente hay una versión WIP parcheada libcairo
que permite renderizar emojis de colores, pero aún no es estable.
https://github.com/googlei18n/noto-emoji/issues/36#issuecomment-168209204
El soporte para esto probablemente se reducirá a algo que debe implementarse por aplicación o por UI-lib (GTK, Qt, etc.), por lo que algunas aplicaciones pueden tardar un tiempo en admitirlo incluso una vez que las bibliotecas subyacentes del sistema operativo hacer.
ACTUALIZACIÓN:
El libcairo
parche ha llegado a los repositorios principales para la mayoría de las distribuciones, ahora deberían funcionar de forma nativa de forma predeterminada si tiene una instalación actualizada, pero es posible que deba modificar su configuración de fuente para usarlas realmente.