Tuve el mismo "problema" que solucioné instalando CCSM (CompizConfig Settings Manager) y configurando en Ubuntu Unity Plugin la opción Hide Launcher para NUNCA . De esta forma, cuando el navegador abra el lado izquierdo, estará justo al lado del iniciador y no encima ni debajo de él, para que pueda ver ambos, los botones del iniciador y los botones del navegador.
No hay necesidad de acercarse lentamente al borde, no tener los botones en su lugar típico o no maximizarlo ya que esto no es una solución a la confusión entre ambos elementos.
Después de cambiar la opción en el complemento de Unity, al menos en mi caso tuve que reiniciar para que surta efecto. Por si acaso te sucede. Estás seguro con estos valiosos segundos cuando navegas y quieres verificar algo rápidamente.
Al final debería verse así:
Vea cómo el límite izquierdo del navegador es el iniciador real y no el borde de resolución.