Los repositorios de ubuntu se dividen en cuatro partes.
- principal: software libre compatible con canonical
- restringido: software no libre compatible con canonical (firmware, controladores, etc.)
- universo: software libre no compatible con canonical
- multiverso: software no libre no compatible con canonical
El software que no está en main no es compatible con canonical. El principal impacto práctico de esto para aquellos de nosotros que no compramos contratos de soporte es que es mucho menos probable que las actualizaciones de seguridad aparezcan de manera oportuna y hacia el final del ciclo de vida de la versión puede no aparecer en absoluto.
En general, las cosas entran en main porque es parte de una de las instalaciones predeterminadas de Ubuntus. Gimp se eliminó de la instalación predeterminada hace algún tiempo y supongo que finalmente también lograron eliminarlo de main.
¿Eso importa? En general, diría que no, un editor de imágenes generalmente tiene una exposición relativamente baja a las amenazas de seguridad. Especialmente porque los formatos de imagen en sí mismos son manejados típicamente por bibliotecas externas que (al menos para los formatos comunes) probablemente seguirán estando en main.
Entonces, para responder a su pregunta "cómo recuperarse de eso" en el título, le sugiero que simplemente no se preocupe por eso.