Probablemente los gestores de paquetes más populares son apt-get, aptitude, synaptic y Software Center. Hay otros (Linux Mint tiene el suyo, y hay algunos diseñados para KDE), pero estos son los que encontrará con más frecuencia.
apt-get es una herramienta simple de línea de comandos. Es útil si conoce el nombre exacto del paquete de lo que desea instalar y no desea pasar tiempo haciendo clic en una GUI para obtenerlo.
aptitude es muy similar a apt-get, y he oído que trata mejor con situaciones de dependencia locas. Cuál es realmente mejor es discutible.
synaptic es una GUI de bajo nivel. Esta es una buena opción si es un usuario bastante avanzado pero no se siente cómodo con las utilidades de línea de comandos.
Software Center es una GUI de muy alto nivel y fácil de usar. El software está bien categorizado de modo que, si no está exactamente seguro de qué aplicación desea, puede encontrar lo que necesita rápidamente. El Centro de software también se destaca porque es el único administrador de paquetes en esta lista que le permite comprar aplicaciones comerciales.
dpkg es un estándar de administrador de paquetes de bajo nivel menos utilizado para la mayoría de los sistemas basados en Debian. En realidad, apt-get, aptitude, synaptic y el Centro de software de Ubuntu son solo front-end para dpkg o apt, que es en sí mismo un front-end para dpkg.
En respuesta a su pregunta, "cuál es la opción recomendada para la administración normal de paquetes del día a día", diría que Software Center se recomienda para la mayoría de los usos. Pero a medida que gane más experiencia, encontrará útiles algunas de las características de los administradores de paquetes de nivel inferior.