Aquí está mi respuesta, y puede o no ser la respuesta específica real a lo que ha hecho a su propio sistema.
Sin embargo, estoy en una situación similar y tenía la misma preocupación.
Estoy usando Ubuntu 16.04 LTS y Python 2.7.12, y recientemente instalé Anaconda.
Entonces, cuando voy a la línea de comando y pythonescribo, todavía va a mi instalación de Python2.
Confirmado por esta secuencia:
$which python
/usr/bin/python < Catch-all for max compatibility
$python
Python 2.7.12 . . etc
Entonces, en mi caso, anacondaNO causa ningún problema con mis shebangs Python2 predeterminados.
En definitiva, esa es la pregunta.
Cuando le pregunta al sistema which python, puede confiar en que sea la cadena correcta para usar en la primera línea de sus programas Python de estilo de línea de comandos.
En mi situación, todos mis mismos archivos de script de línea de comandos de Python continúan ejecutándose bien.
Tiendo a escribir Python en un modo compatible con 3. Como usar paréntesis alrededor de mis declaraciones impresas. Pero me estoy resistiendo activamente a un cambio importante en el sistema que podría causar fallas en los programas de Python 2. Python 3 suena genial pero innecesario para mis necesidades. Python 2 es un lenguaje asombroso.
Mi entorno informático no me permite volver y rediseñar procesos pasados que se han ajustado para que funcionen correctamente sin tener que esperar mucho tiempo ya que tendría que volver y averiguar dónde lo usé en primer lugar.
En pocas palabras: al instalarlo anacondapara usarlo en el futuro, no he tenido problemas de velocidad ni problemas.
Ese es el punto en el que estoy en el proceso ... Acabo de volver a certificar todo el software anterior.
El siguiente paso es usar algunas de las cosas geniales que se prometen en el paquete.
Por lo tanto, debo sospechar que otros simplemente instalando anacondaallí deben ser más para su situación.
Desde mi experiencia, no es un problema en absoluto.
alias python=python2