En la mayoría de los casos, no es necesario eliminar esos paquetes. Ese aviso solo significa que esos paquetes ya no están en el componente principal de Ubuntu y se han degradado a Universe (consulte esta página para obtener más información sobre los componentes), lo que significa que la comunidad de Ubuntu todavía tiene soporte para ellos.
Si aún desea eliminarlos, puede averiguar qué paquetes eran mirando el registro de actualización (/var/log/dist-upgrade/main.log) en el que encontrará una línea que comienza con "degradado: "que contiene una lista de los paquetes degradados.
Si desea eliminar paquetes que no se utilizan por completo, sudo apt-get autoremove
lo hará.