Respuestas:
Este comando trae menús y controles a sus propias ventanas:
sudo apt-get remove indicator-appmenu
Esto mueve los controles a la ventana, pero solo cuando la ventana se restaura. Cuando se maximiza, los controles vuelven a la parte superior, pero está bien porque está maximizado de todos modos.
Eliminar el menú por completo (misma respuesta):