A veces uso dos entornos de escritorio diferentes como Unity y Gnome Shell (comparar, probar, crear capturas de pantalla, etc.) pero Unity se ve mal con el tema Adwaita, que es lo mismo con el tema Gnome Shell y Ambiance. Cambiar cada vez es bastante complicado y a veces (pero ahora menos frecuente que antes) se bloquea (estoy usando Oneiric).
Ambas sesiones usan el mismo tema porque estás usando tu usuario para iniciar sesión, seleccionar un nuevo usuario lo hará por ti.
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Uri Herrera