Lo mismo me sucedió con VLC y Totem en Ubuntu 16.04. Sin embargo, en algunos otros jugadores como el sonido mpv funcionaba bien.
Tenía la sensación de que tenía algo que ver con la última vez que abrí VLC. Estaba viendo una película en el televisor (por conexión HDMI), así que en ese momento configuré el audio para que se reprodujera por la salida HDMI. Apagué la computadora portátil sin revertir la configuración.
Pero ahora no estaba conectado a HDMI y en la configuración de sonido solo se mostraban altavoces internos.
Al final, la opción de configuración de la culpa se encontraba en VLC. Mientras juega, Audio> Dispositivo de audio> (seleccione sus altavoces internos). Parece que no volvió a los altavoces internos, porque la salida HDMI todavía estaba seleccionada. Ahora incluso Totem está funcionando.
¡Espero que esta experiencia ayude a alguien!