No hay configuración en todo el sistema, ya que las aplicaciones necesitan manejar los eventos XInput 2.1 por sí mismas o usar un kit de herramientas que lo hace automáticamente.
Las aplicaciones Gnome / GTK3 manejan el desplazamiento suave o perfecto de píxeles por defecto.
Firefox requiere establecer una variable de entorno MOZ_USE_XINPUT2
( echo 'export MOZ_USE_XINPUT2=1' >> ~/.xsessionrc
).
Chromium lo introdujo recientemente en la versión 54 y deberá instalarlo desde una fuente que esté más actualizada que los repositorios de Ubuntu.
Las aplicaciones KDE / QT aparentemente tienen soporte, aunque no lo he intentado.
Las aplicaciones basadas en electrones (como Atom) todavía no tienen soporte para eventos XInput 2.1.