De acuerdo con la siguiente línea de su mensaje, tiene el jayatana
paquete instalado:
Picked up JAVA_TOOL_OPTIONS: -javaagent:/usr/share/java/jayatanaag.jar
Este paquete es responsable del soporte del menú de aplicaciones para aplicaciones Java swing, y parece ser la causa de la falla predeterminada. Eliminarlo funcionó para mí:
sudo apt-get remove jayatana
No olvide reiniciar su sesión después, ya que el paquete instala la JAVA_TOOL_OPTIONS
variable de entorno. O pruébalo desde una ventana de terminal:
JAVA_TOOL_OPTIONS= /path/to/your/matlab