Esto sucede tanto en 11.04 como en 11.0. Leí en algún lugar que estas aplicaciones están en la "lista negra" para explícitamente no usar barras de desplazamiento superpuestas, pero ¿por qué?
EDITAR (17 de septiembre): ahora Update Manager ha sido incluido en la lista blanca y utiliza barras de desplazamiento superpuestas ( consulte esta revisión ). Synaptic todavía está en la lista negra.