La actualización automática de la función Atom aún no es compatible con Ubuntu. Desde su repositorio de GitHub:
Actualmente solo está disponible una versión de 64 bits.
Descargue atom-amd64.deb desde la página de lanzamientos de Atom. Ejecute sudo dpkg --install atom-amd64.deb en el paquete descargado. Inicie Atom utilizando el comando atom instalado. Actualmente, la versión de Linux no se actualiza automáticamente, por lo que deberá repetir estos pasos para actualizar a versiones futuras.
Intenté usar Webupd8 PPA pero no me funciona.