Si tiene dos discos duros, entonces instalar Windows en uno y Ubuntu (o cualquier otro sistema operativo) en el otro es lo más conveniente.
La mayoría de las PC con Windows modernas vienen con tres particiones ya instaladas: una partición de recuperación, la partición "Sistema reservado" y, finalmente, su partición primaria de Windows. Si solo se definen 3 particiones primarias, cree una partición extendida e instale Ubuntu allí.
Suponiendo que Windows consume todo su primer disco duro, debe cambiar el tamaño de esas particiones de Windows.
Hay una sensación de seguridad al instalar el segundo sistema operativo en un disco duro separado. Con dos discos duros, puede deslizar el primario (en el caso de una computadora portátil) o desconectar la alimentación (para una computadora de escritorio). Ahora sabe que no va a dañar accidentalmente su sistema operativo principal mientras instala el otro. Para los verdaderamente paranoicos, puede hacer lo mismo al actualizar a versiones más nuevas.
Por ejemplo, mi máquina admite cuatro discos duros; entonces ejecuto Windows 7 en el primario y Ubuntu en el segundo. En lugar de usar el cargador de arranque de Linux para seleccionar mi sistema operativo, simplemente uso la pantalla de arranque del BIOS para elegir arrancar desde el primer o segundo disco duro. Si presiono el botón de encendido y me alejo, entonces arranca desde el disco primario sin supervisión.
Ubuntu estará encantado de montar sus particiones de Windows para que pueda acceder a sus archivos.
Otra opción a considerar es utilizar una máquina virtual. Uso VMware en mi partición de Windows. La única advertencia es que necesita suficiente memoria y potencia de CPU para ejecutar ambos SO simultáneamente.
Un comentario sobre la redundancia: si planea configurar cualquier tipo de redundancia de disco (duplicación o creación de bandas RAID-5), debe tener discos duros cercanos al mismo tamaño para evitar el desperdicio de espacio (el sistema usará el tamaño del más pequeño conducir). Un enfoque de hardware es mucho más confiable y funciona mejor que una solución simple basada en software. ¡ DEBE hacer una copia de seguridad de los datos que no desea perder!