Usa un terminal y crea el directorio
mkdir -p ~/.config/indicators/messages/applications-blacklist/
Los archivos aquí deben ser rutas a archivos .desktop que se incluirán en negro al inicio. Los archivos .desktop en cuestión se encuentran en
/usr/share/indicators/messages/applications
para que pueda hacer enlaces simbólicos desde allí a este directorio. Así
ln -s /usr/share/indicators/messages/applications/menuItem ~/.config/indicators/messages/applications-blacklist/menuItem
se eliminará menuItem
del menú de mensajes. correr
ls /usr/share/indicators/messages/applications
para ver cuáles son los nombres de los archivos .desktop y buscar el que menciona Ubuntu One.
Tu puedes correr
killall gnome-panel
para ver los cambios de inmediato. De lo contrario, un cierre de sesión debería funcionar también.