Instalar Windows sobrescribirá el MBR de todos modos (tuve este problema hace algún tiempo). La forma en que puede hacer que funcione es DESENCHUFAR físicamente la unidad con su Ubuntu, quitándola por completo de su computadora, luego instalando Windows en la otra unidad y volviendo a enchufar la unidad con Ubuntu.
De esta manera, estará completamente seguro de que MBR estará bien, ya que el instalador de Windows no tendrá absolutamente ningún acceso al disco con Ubuntu, ya que estará separado de su computadora (pero algunas personas aconsejan que es aún más seguro mantener temporalmente el disco desmontado en una habitación separada, por si acaso [en realidad no, solo estoy bromeando]) .
De esta forma obtendrá ambos sistemas instalados en unidades separadas. Después de volver a enchufar, asegúrese de modificar la configuración de su BIOS: desea iniciar el arranque desde la unidad de Ubuntu, ya que ahí es donde está GRUB. Tenga en cuenta que en el primer arranque (muy probablemente) no tendrá una opción para arrancar Windows. Para solucionarlo, inicie su Ubuntu y ejecute sudo update-grub
, esto debería detectar Windows y agregar su entrada al menú de inicio.